Szkoły są miejscem, gdzie od wczesnych lat wpaja się dzieciom i młodzieży umiłowanie ojczystego języka, kultywuje tradycje, rozwija rękodzieło. Tu dzieci uczą się wrażliwości i szacunku dla kultury, dorobku, obyczajów swoich rodziców oraz dziadków. W każdej ze szkół w Gminie Puńsk działają litewskie zespoły artystyczne, kółka zainteresowań. Organizowane są zajęcia, na których dzieci poznają litewską sztukę obrzędową i tradycyjną: tkają krajki, wycinają oryginalne wycinanki, robią palmy wielkanocne, malują pisanki. Uczniowie poznają litewskie obrzędy poprzez organizowanie i uczestnictwo w różnego rodzaju imprezach: Zapustach, Niedzieli Palmowej i Przewodniej, Festiwalach litewskiego tańca, śpiewu i teatru. Dzieci tego regionu mają swój periodyk “Ausrele”, który praktycznie sami redagują.

Największą placówką oświatową w Gminie Puńsk jest Zespół Szkół z Polskim i Litewskim Językiem Nauczania im. Dariusa i Girenasa w Puńsku – szkoły podstawowa i gimnazjum. Szkoła mieści się w 2 budynkach: przy ul. 11 Marca (starsze klasy) oraz w pomieszczeniach Przedszkola Samorządowego w Puńsku, przy ul. Szkolnej (klasy I-III). W pomieszczeniach tej szkoły odbywają się również zajęcia uczniów Suwalskiej Szkoły Muzycznej II stopnia. Dzieci i młodzież uczą się grać na różnych instrumentach (fortepian, akordeon, instrumenty dęte, skrzypce, i inne).

W pomieszczeniach tej szkoły, przy ul. 11 Marca znajduje się również Liceum Ogólnokształcące i Liceum Profilowane z Polskim i Litewskim Językiem Nauczania im. 11 Marca w Puńsku – jedyne litewskie liceum w Polsce. Swoją działalność rozpoczęło 20 sierpnia 1956 r. Liceum szczyci się ponad tysiącem absolwentów, wśród których są naukowcy, lekarze, artyści, znani działacze społeczni, pracownicy lokalnych instytucji. Wielu absolwentów prowadzi nowoczesne gospodarstwa rolne.

W Puńsku działa również Przedszkole Samorządowe w Puńsku (polsko-litewskie). Uczęszczają tu maluchy od 3 do 6 lat.